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Durante la Reforma protestante del siglo XVI, Juan Calvino (1509-1564) creía que el sistema de gobierno de la iglesia utilizado por él y sus seguidores en Ginebra, Estrasburgo, Zurich y otros lugares, se basaba en la Biblia, aunque nunca afirmó que fuera la única forma aceptable para gobernar la iglesia.
Calvino pensaba que el gobierno de la iglesia debería ser guiado por la comunidad o cuerpo, en el que solamente Cristo es la cabeza y en la que todos los miembros, incluyendo a los pastores, son iguales.
Esta conclusión de Calvino era fácil de entender. En primer lugar, la pesada estructura de la Iglesia de Roma, y su fuerte énfasis en acumular la autoridad sobre el papa, había creado un rechazo hacia un gobierno piramidal dentro de las iglesias de los reformadores. En segundo lugar, la lectura de los textos bíblicos del Nuevo Testamento, claramente expresan un gobierno mucho más horizontal para la iglesia.
John Knox era un sacerdote católico escocés, que había tenido cierto contacto con las ideas reformadas, y que en pleno furor de la reforma, se mudó a Ginebra, para aprender directamente de Juan Calvino.
En 1555, Knox regresó a su país, Escocia, llevando consigo las ideas protestantes y la forma de gobierno de la iglesia, que había aprendido junto a Calvino.
Tan pronto como regresó al país, comenzó a predicar en contra de los abusos de la iglesia de Roma y en poco tiempo ya contaba con un gran número de seguidores.
La influencia de Knox creció rápidamente y en 1560, el Parlamento de Escocia adoptó una confesión de fe protestante, que hoy se conoce como la Confesión Escocesa. Para el final de ese mismo año, el gobierno presbiteriano ya se había instaurado en la iglesia de todo el país.
Para entender estos hechos y los posteriores, es necesario comprender que la historia de la Iglesia Presbiteriana se cruzaría en el futuro de manera permanente con la historia de la Iglesia Anglicana, cada vez que los hilos del poder se entretejían entre Inglaterra y Escocia.
Por ejemplo, para inicios del siglo XVII, el rey Jacobo VI de Escocia (1566-1625) quiso instaurar un gobierno episcopal, de tipo anglicano, en la iglesia presbiteriana de Escocia. En 1637, el hijo de Jacobo, Carlos I de Inglaterra (1600-1649), intentó obligar a la iglesia de Escocia a usar el Libro de la Oración Común de la Iglesia Anglicana, lo que desencadenó revueltas. Luego, los escoceses, seguidores del presbiterianismo, enviaron tropas para apoyar la Guerra Civil Inglesa (1642-1651), poniéndose de lado de Oliver Cromwell (1599-1658), que era puritano.
Con el tiempo, la Confesión de los escoceses sería suplantada por la Confesión de fe de Westminster y los Catecismos mayor y menor, que fueron formulados por la Asamblea que se reunió entre 1643 y 1649 para formular esta Confesión.
Aunque se hizo primeramente para la Iglesia de Inglaterra, la Confesión de Fe de Westminster permanece como un 'estándar subordinado' de doctrina para la Iglesia de Escocia, y ha influido sobre las iglesias presbiterianas de todo el mundo.
Pero ésta Confesión no evitó las tensiones entre la iglesia anglicana y las disidencias que se profundizaban cada vez más. Los presbiterianos, congregacionalistas y bautistas ingleses llegaron a ser conocidos todos ellos (junto con otros) como los "no conformistas", puesto que no se conformaron al Acta de Uniformidad de 1662 que establecía a la Iglesia de Inglaterra como la única iglesia aprobada legalmente, aunque todas estas iglesia estaban unidas entre sí de alguna forma a través de la Confesión de Fe de Westminster.
Las diferencias llegarían a su fin en 1688 con la revolución gloriosa, cuando finalmente la iglesia de Escocia fue reconocida y el presbiterianismo se convertiría en la iglesia oficial de Escocia, mientras en Inglaterra se mantendría la Iglesia Anglicana.
A partir de ahí, el presbiterianismo se expandió progresivamente hacia otros territorios. En Irlanda se convirtió en la denominación protestante más grande del país después del anglicanismo, gracias a la inmigración de escoceses presbiterianos.
