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Huss nació de padres campesinos en el sur de la actual República Checa. Para escapar de la pobreza, Huss se preparó para el sacerdocio.
Obtuvo una licenciatura, una maestría y finalmente un doctorado. Fue ordenado en 1401 y se convirtió en predicador de la Capilla de Belén de Praga, la iglesia más popular en una de las ciudades más grandes de Europa.
Huss pasó gran parte de su tiempo sirviendo en la academia como decano de la facultad de filosófica en Praga.
Huss vivió en una época en que la inmoralidad infectó el sacerdocio de la Iglesia católica. Pronto comenzó a predicar "sermones violentos" contra la corrupción del clero hasta que lo denunciaron al arzobispo y le prohibieron predicar. Mientras Huss leía las Escrituras y observaba a los papas de su época abusar de su poder, concluyó que la autoridad papal no era la máxima.
Jan Huss argumentó firmemente contra las indulgencias, abogó por que tanto el pan como el vino se sirvieran en la comunión, y predicó en el idioma de las personas en oposición al latín con el que se predicaba entonces.
Mientras tanto, la situación se complicó con la política europea, que vio a dos papas compitiendo para gobernar a toda la cristiandad.
Un consejo de la iglesia fue convocado en Pisa en 1409 para resolver el asunto. El consejo derrocó a ambos papas y eligió a Alejandro V (1339-1410) como el pontífice legítimo. Alejandro pronto fue "persuadido", es decir, sobornado, para aliarse con las autoridades de la iglesia Bohemia contra Huss. Huss tenía prohibido predicar, pero solo en papel, con el apoyo de los bohemios locales, Huss continuó predicando y ministrando en la Capilla de Belén.
Cuando el sucesor del papa Alejandro V autorizó la venta de indulgencias para recaudar fondos para su cruzada contra uno de sus rivales, Huss se enojó y se volvió aún más inflexible.
El Papa actuaba por mero interés propio, y Huss ya no podía justificar la autoridad moral del Papa. Se apoyó aún más en la Biblia, que proclamó como la autoridad final para la iglesia. Huss argumentó además que el pueblo checo estaba siendo explotado por las indulgencias del papa. Sus opiniones fueron consideradas como un ataque contra el rey de Bohemia, quien obtuvo una parte de los beneficios del dinero recaudado con la venta de indulgencias.
Con eso Huss perdió el apoyo de su rey. Su excomunión, que había sido abandonada tácitamente, ahora fue revivida, y se impuso un interdicto a la ciudad de Praga, mediante el cual ningún ciudadano podía recibir la Comunión ni ser sepultado en los terrenos de la iglesia mientras Huss continuara su ministerio. Para salvar a la ciudad, Huss se retiró al campo hacia fines de 1412, donde pasó los siguientes dos años en una actividad literaria intensa, escribiendo varios tratados.
En noviembre de 1414, el Concilio de Constanza se reunió, y el emperador instó a Huss a venir y dar cuenta de su doctrina. Debido a que se le prometió seguridad y a la importancia del consejo, que prometía reformas importantes a la iglesia, Huss decidió asistir. Sin embargo, cuando llegó, fue arrestado de inmediato y permaneció encarcelado durante seis meses.
En lugar de una audiencia, a Huss finalmente se lo llevaron ante las autoridades encadenado y se le pidió simplemente que se retractara de sus opiniones.
En julio de 1415, lo desnudaron, lo adornaron con un sombrero de burro pintado con demonios y etiquetado como "archi-hereje", todo mientras oraba por sus enemigos.
Luego lo llevaron junto a una pila en llamas de sus libros y lo encadenaron a una estaca. En respuesta a estar encadenado.
Sus verdugos recogieron sus cenizas y las arrojaron a un lago para que no quedara nada de sus restos, pero algunos checos recolectaron trozos de tierra del suelo donde Huss había muerto y los llevaron de regreso a Bohemia como monumento conmemorativo.