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Los primeros protestantes no se asignaron a sí mismos los diferentes nombres con los que los conocemos hoy en día, la mayoría de ellos prefirieron que se les llamara "evangélicos".
Lutero por ejemplo, decía simplemente que sus seguidores pertenecían a la Iglesia. En sus cartas y documentos, los primeros reformadores usaron simplemente la frase "nuestras iglesias".
Los nombres con los que los conocemos hoy, fueron designados principalmente por sus oponentes, o también por las escuelas doctrinales a las que se afiliaron. Así por ejemplo, los luteranos eran seguidores de la doctrina de Lutero, los calvinistas de los postulados teológicos de Calvino, etc. A los Anabaptistas se les asignó este nombre porque "re-bautizaban" a sus miembros. A los protestantes en Francia se les llamó "hugonotes" al parecer porque se veían obligados a reunirse por la noche, y se corrió el rumor de que se reunían en honor de un fantasma llamado "le roi Huguet".
Pero el nombre "protestante" excede todos los apelativos anteriores, y contrario a lo que se podría pensar, se refiere más a un término político que a un nombre religioso. De hecho, el origen de este nombre puede carecer de profundidad y ser relativamente irrelevante, a pesar de su importancia.
El 31 de octubre de 1517 Martín Lutero publicó las 95 tesis en la puerta de la catedral de la ciudad alemana de Wittenberg. Este hecho originó una serie de confrontaciones religiosas en las que se vieron involucrados varios principados y nobles alemanes, así como una gran cantidad de sectores populares.
En 1521 el Papa León X excomulgó a Lutero y pocos meses después el emperador Carlos V sancionó el Edicto de Worms, declarando a Lutero prófugo y hereje y prohibiendo sus obras. Pero, pese a la orden imperial la reforma se siguió extendiendo.
En 1524 los territorios de Carlos V se vieron amenazados por el Imperio Otomano. Lo que llevó al emperador a convocar una reunión en la ciudad de Espira en 1526 que resolvió dar cierta libertad de culto a los seguidores de Lutero a través de una suspensión del Edicto de Worms.
La decisión fue utilizada por los príncipes alemanes seguidores de la Reforma para expandir aún más el nuevo movimiento y establecer la Iglesia luterana.
En 1529 Carlos V volvió a convocar a la Dieta Imperial en Espira, esta vez con la intención de dejar sin efecto la tregua de 1526 y restablecer el Edicto de Worms para acabar con el luteranismo e imponer de nuevo el catolicismo en el Imperio.
A la Dieta asistieron representantes luteranos y católicos. Pero la reunión finalizó sin ningún avance. Durante ese mismo año, varios príncipes firmaron y enviaron una carta en forma de protesta en contra de la intención de Carlos V. Por este documento, llamado "la protesta de Espira", los partidarios de la Reforma reciben el apelativo de “protestantes”.
A pesar de las diferencias en su teología, las ciudades del sur de Alemania alineadas con el reformador suizo Ulrico Zuinglio se unieron a los demás territorios alemanes seguidores de Lutero, y firmaron con ellos la "protesta".
Luego de la Protesta de Espira, Lutero y Zuinglio se encontraron en Marburgo en 1529, donde discutieron sobre sus coincidencias y diferencias, con la esperanza de unificar los dos movimientos. Casi simultáneamente, el emperador Carlos V convocó a una nueva Dieta en Augsburgo donde los luteranos presentaron las Confesiones de Augsburgo, considerado como uno de los textos básicos del protestantismo y redactadas por Philipp Melanchthon, discípulo de Lutero. En 1531 los Estados luteranos formaron la Liga de Esmalcalda, que se enfrentaría en dos guerras contra el emperador Carlos V que finalizarían con la Paz de Augsburgo, que dividió el Imperio alemán en dos confesiones cristianas, luterana y católica, y que otorgó a los príncipes alemanes la capacidad de elegir la confesión a practicar en sus estados.
Mientras tanto, en 1529 había comenzado la separación política de la Iglesia de Inglaterra bajo el reinado de Enrique VIII, separación que se completaría en 1536 y que se incorporaría al movimiento protestante. En la misma década, el francés Juan Calvino se instaló en Ginebra y desde allí las ideas protestantes se difundieron por Escocia, Hungría y Alemania.
A pesar de las variaciones de pensamiento dentro de los seguidores de la reforma, el término "protestante" se adhirió al grupo en general de manera progresiva.